天正18年（1590年）、徳川家康が江戸に入城すると同時に、江戸城修築と大規模都市開発がスタート。木材は都市を建設し、維持する上でも、日用品やエネルギー源としても重要な資材でした。そのため木材の流通に携わる商人を全国から招集。その多くが江戸に残り、各地で商いを続けていました。
ところが寛永18年（1641年）の江戸大火で、火事が延焼したのは点在する材木商の「高積み」が原因とされ、材木商は永代島（のちの元木場）に集められました。
さらに明暦3年（1657年）にも江戸大火が発生。それを機に開かれた水路を生かし、元禄16年（1703年）、「木場深川町」が誕生しました。
安政2年（1855年）の大地震では、本所・深川も甚大な被害を受けました。しかし、震災後の復興には市民の助け合いの姿があり、地元への社会奉仕「施行」として材木商仲間が多額の寄付を行ったことが記録に残されています。

明治維新で江戸から東京に名をあらためた当時は不安に満ちあふれていたものの、徐々に近代化に向けて歩き始めました。政府は、封建的な諸制度を廃し、新たな商業秩序を構築する施策をすすめていました。こうした流れから、明治19年（1886年）、本所・深川を中心に材木問屋約200名が集まり「東京材木問屋組合・準則組合（のち明治39年に東京材木問屋同業組合に改組）」が発足しました。
また、明治22年（1889年）の東海道本線東京ー神戸間開通に続いて、鉄道網が拡大。水運だけではなく鉄道という強力な輸送手段が加わることで、東京市場への木材入荷量も着実、かつ大幅に伸びていきました。

林業技術の革新、機械製材の普及、製材工場の増設など、業界は新しい時代に向けて歩んでいましたが、大正時代は木場にとって苦難の時代でした。
大正6年（1917年）、観測史上最大級の大高潮が来襲。浸水家屋が続出するだけではなく、土手が決壊。大量の丸太や角材が流出し、被害を拡大しました。
大正12年（1923年）、関東大震災。本所方面から南下した火は、堀に浮かぶ筏にまで延焼し、木場は猛火に包まれました。失った木材は1年分の需要量に相当する規模だったといいます。しかし震災復興事業で、木場は大きく変わりました。
大規模な区画整理で道路整備が進み、焼失した橋も早々に復旧しました。

昭和6年（1931年）満州事変勃発。日本国内は軍事色が強まり、軍事需要で木材の市況が活性化したのもつかの間、木材が統制物資に指定され、公定価格が設定されてしまいました。
昭和16年（1941年）には「木材統制法」が交付され、木材業の私的営業が禁止となり、300年の歴史を誇った「東京材木問屋同業組合」は解散を余儀なくされます。
昭和20年（1945年）3月の大空襲により、浅草、本所、深川はほとんど焼け野原になってしまいました。

戦時中の木材配給統制は、戦後もなお続いていました。統制撤廃、問屋制の復活、重税への対応を使命として昭和22年（1947年）に創立されたのが「東京木材林産組合」です。組合の活動が実を結び、昭和25年（1950年）には統制が撤廃され、自由営業時代がスタート。木材業界は住宅需要に対する資材供給で戦災からの復興に貢献しました。
その後「東京木材協同組合」「東京材木問屋協同組合」と名前を変えつつも、組合は積極的な経済活動に向けた基盤作りに取り組んでいます。
また高度経済成長期、木場の木材取扱量が伸びようとした時に持ち上がったのが、木場の地盤沈下問題です。都市化が進んだ木場には、取扱量の増大にあわせて貯木場の拡大ができないという問題もありました。
そこで昭和33年（1958年）「木場移転協議会」を結成。新しい木場の建設と集団移転という一大プロジェクトがスタートしました。紆余曲折を経て東京港14号埋立地（現在の新木場1〜3丁目）に、全635の企業が移転し終えたのは昭和56年（1981年）。プロジェクトスタートから20年以上の歳月をかけ、新木場は今、世界最大の木材団地になっています。